Pada pertengahan kurun ke 17, Raja Kuning yang memerintah Patani telah mangkat dan menjadikan negeri Patani huru-hara. Raja Sakti I dari Kelantan berjaya menyatukan Patani dan Kelantan di bawah pemerintahannya pada tahun 1649. Pemerintahan di Patani selepasnya diterajui oleh puteranya, Raja Bakal yang memerintah dari tahun 1688-1690. Dua orang Raja Perempuan dari Kerajaan Jembal di Kelantan telah menerajui pemerintahan Patani iaitu Raja Mas Kelantan (1670-1698)dan puterinya Raja Mas Cayam yang dikenali juga sebagai Raja Dewi Peracu (1698-1702). Raja Mas Cayam inilah yang menabalkan anak Bendahara Johor iaitu Tun Zainal Abidin sebagai Sultan di sungai Terengganu, dalam usahanya pengukuhkan persahabatan dan persekutuan dengan Johor. Namun Johor juga mengalami kemerosotan dan tidak mampu melindungi dan menghantar bantuan tentera ke Patani lagi kerana persengketaan di kalangan pembesar Melayu dan Yamtuan Muda Riau (pihak Bugis) pada akhir abad ke 17 dan pada abad ke 18. Siam menyerang Patani pada tahun 1785 dan Kedah pada 1821, dan kedua-dua negeri ini berjaya ditakluki Siam. Berikut ialah kronologi ringkas penaklukan Siam keatas Patani dan Kedah:

• 1760: Kebangkitan kuasa Burma di bawah dinasti Konbaung, Burma menakluk Siam pada 1767 dan Laos pada 1765
• 1768: Siam dibawah pimpinan general Taksin berjaya menghalau penjajah Burma.
• 1769: Untuk mengukuhkan kuasanya di selatan Siam menakluk Ligor/Negara Sri Darmaraja(Nakhon Si Thammarat). Armada angkatan laut dibina di Nakhon Si Thammarat, Trang dan Krabi untuk menakluk wilayah selatan di semenanjung Tanah Melayu.
• 1782: Raja Buddha Yodfa Chulaloke atau Rama I menaiki takhta Siam menggantikan Raja Taksin yang digulingkan, dinasti Rattanakosin yang berpusat di Bangkok diasaskan.
• 1785: Di bawah pemerintahan Raja Rama I, Siam menyerang dan berjaya menakluki Patani. Kelantan dan Terengganu menjadi wilayah yang tunduk kepada Siam (tributary states) dan menghantar bunga emas ke Siam.
• 1789-1791: Pemberontakan di Patani. Patani dipecahkan kepada tujuh wilayah: Patani, Saiburi (Teluban), Nongchik, Yaring, Yala, Reman dan Rangae untuk melemahkan orang melayu.
• 1821: Kedah ditawan Siam, Siam juga mengancam menyerang Perak dan Selangor, Sultan Kedah yang kalah dilarang tinggal di Perak dan Selangor kerana Siam mengangap negeri-negeri ini dibawah kekuasaannya. Sultan Kedah terpaksa tinggal di Melaka dan melancarkan serangan gerila dari sana. Perak mula menghantar bunga emas dan 20 ekor gajah dari lembah Kinta kepada Siam.
• 1832: Reman (dekat sempadan Thailand-Perak, juga merangkumi Grik dan Pengkalan Hulu), mengisytiharkan menjadi republik. Wilayah lain, kecuali Yaring, ikut memberontak, tetapi dipatahkan.
• 1838: Pemerintah Nongchik, Yala, Reman dan Rangae bekerjasama dengan pemberontak Kedah dan menyerang Songkhla tetapi berjaya dipatahkan oleh Siam
• 1839: Kedah dipecahkan kepada empat kawasan: Kedah, Kubangpasu, Perlis dan Satun (Setul). Pemecahan Pattani dan Kedah melemahkan kedua-dua negeri itu.

Pada tahun 1835 berlaku pergolakan merebut takhta Kelantan, Raja Kampung Laut yang dikenali sebagai Tuan Besar Bin Raja Muda Ismail yang kalah kepada Sultan Muhammad II dalam perebutan takhta Kelantan telah dilantik oleh Siam sebagai gabenor bergelar raja (Phraya Patani) di negeri kecil Patani yang telah dipecahkan. Salah seorang anak Raja Bendahara Long Jenal yang kalah dalam perebutan takhta itu juga dilantik oleh Siam sebagai raja di Yaring salah satu negeri kecil di Patani.

Dalam tahun 1826, penaklukan Siam ke atas Patani telah diakui oleh British. Dalam usahanya untuk mengukuhkan cengkamannya ke atas Patani, pada tahun 1902 kerajaan Siam melaksanakan dasar Thesaphiban. Phraya Patani ke-V iaitu Sultan Abdul Kadir Kamarudin Syah Ibni Sultan Sulaiman Syarafuddin Syah memberontak tetapi berjaya dikalahkan dan dibuang negeri ke Kelantan.

Dengan itu, sistem pemerintahan Kesultanan Melayu telah dihapuskan. Dengan termeterainya Perjanjian Bangkok pada tahun 1909, Patani telah diakui oleh British sebagai sebahagian daripada jajahan Siam walaupun tanpa kerelaan orang-orang Melayu Patani.

Semenjak penghapusan pemerintahan Kesultanan Melayu Patani, orang-orang Melayu-Patani berada dalam keadaan tertekan dan daif. Seperti yang diungkap oleh W.A.R. Wood, Konsol British di wilayah Songkhla, orang-orang Melayu telah menjadi mangsa sebuah pemerintahan yang ‘misgoverned’. Justeru, tidaklah hairan kekacauan seringkali berlaku di Patani. Pada tahun 1923, Tengku Abdul Kadir Kamaruddin, bekas raja Kerajaan Melayu Patani, dengan sokongan pejuang-pejuang Turki, telah mengepalai gerakan pembebasan. Kebangkitan anti-Siam menjadi lebih hebat lagi apabila kerajaan Pibul Songgram (1939-44) cuba mengasimilasikan kaum minoriti Melayu ke dalam masyarakat Siam melalui Dasar Rathaniyom.

Penglibatan Siam dalam Perang Dunia Kedua di pihak Jepun telah memberikan harapan kepada orang-orang Melayu Patani untuk membebaskan tanah air mereka daripada penjajahan Siam. Tengku Mahmood Mahyideen Bin Sultan Abdul Kadir Kamaruddin Syah, putera bekas Raja Melayu Patani juga seorang pegawai berpangkat Mejar dalam pasukan Force 136, telah mengemukakan rayuan kepada pihak berkuasa British di India supaya mengambil alih Patani dan wilayah sekitarnya serta digabungkan dengan Tanah Melayu.

Cadangan Tengku Mahmud itu adalah selaras dengan rancangan Pejabat Tanah Jajahan British untuk mengkaji kedudukan Segenting Kra dari sudut kepentingan keselamatan Tanah Melayu selepas perang nanti.

Harapan itu semakin cerah apabila kuasa-kuasa berikat, dalam Perisytiharan San Francisco pada bulan bulan April 1945, menerima prinsip hak menentu nasib sendiri (self-determination) sebagai usaha membebaskan tanah jajahan daripada belenggu penjajahan.

Atas semangat itu, pada 1 November 1945, sekumpulan pemimpin Melayu Patani dipimpin oleh Tengku Abdul Jalal, bekas wakil rakyat wilayah Narathiwat, telah mengemukakan petisyen kepada Kerajaan British merayu supaya empat wilayah di Selatan Siam dibebaskan daripada pemerintahan Siam dan digabungkan dengan Semenanjung Tanah Melayu. Namun begitu, pendirian British terhadap Siam berubah apabila Peperangan Pasifik tamat. Keselamatan tanah jajahan dan kepentingan British di Asia Tenggara menjadi pertimbangan utama kerajaan British dalam penggubalan dasarnya terhadap Siam atau pun Patani.

Kerajaan British memerlukan kerjasama Siam bagi mendapatkan bekalan beras bagi keperluan tanah jajahannya. Tidak kurang pentingnya, kerajaan British terpaksa menyesuaikan dasarnya terhadap Siam dengan tuntutan Amerika Syarikat yang mahu mengekalkan wilayah Siam seperti dalam tahun 1941.

Kebangkitan Komunis di Asia Tenggara, khususnya di Tanah Melayu pada tahun 1948, menjadi faktor pertimbangan British dalam menentukan dasarnya. Kerajaan British menganggap Siam sebagai negara penampan terhadap ancaman Komunis di China. Justeru, Kerajaan British mahu memastikan Siam terus stabil dan memihak kepada Barat dalam persaingan dengan Negara-Negara Komunis. Kerajaan British memerlukan kerjasama kerajaan Siam bagi menghapuskan kegiatan penganas-penganas Komunis di perbatasan Tanah Melayu-Siam.

Kebetulan pula kerajaan Siam telah memberi jaminan untuk memperkenalkan reformasi pentadbiran dan sosio-ekonomi di Patani bagi mengatasi masalah yang dihadapi oleh masyarakat Melayu. Oleh kerana itu, isu Patani mula dianggap kurang penting malahan kiranya dibangkitkan akan menjejaskan hubungan dengan Siam.

Selepas Persidangan Songkhla pada awal Januari 1949, pihak berkuasa British di Tanah Melayu atas tuntutan pihak Siam mula mengambil tindakan terhadap pemimpin-pemimpin pejuangan Patani. GEMPAR juga telah diharamkan. Tengku Mahmood Mahyideen telah ditekan manakala Haji Sulung dihukum penjara. Pergerakan politik Patani semakin lemah dengan kematian Tengku Mahmood Mahyideen dan Haji Sulung pada tahun 1954.